Приход церкви святителя Николая был образован в 1988 году и зарегистрирован как Православная церковь Всех Святых. Первая церковная служба в городе Междуреченске состоялась 13 марта 1988 года, в неделю Крестопоклонную Великого поста. Первые богослужения временно совершал протоиерей Николай Мульков, позже настоятелем стал Василий Дылевский. 

В те перестроечные годы значительно возрос интерес общественности к православию, проходили выступления и лекции на многих предприятиях города, в профессиональных учебных заведениях и в школах. Поэтому возникла необходимость в воскресной школе, которая была открыта в сентябре 1989 года. 

В 1993 года приход церкви Всех Святых был перенесен в новый храм, а 27 апреля 1994 года приход впервые был зарегистрирован как церковь Николая Чудотворца. 

В 1997 году, указом Высокопреосвященнейшего владыки Софрония, настоятелем церкви Николая Чудотворца был назначен иерей Андрей Гудзь. С 2004 года началось строительство нового храма Николая Чудотворца. В 2009 году благочинным междуреченского округа протоиереем Николаем Бурдиным был отслужен торжественный молебен, и совершено освящение крестов. Центральная глава и крест были установлены на купол нового храма.

Самым важным и ярким событием в 2009 году был переезд в новый храм Николая Чудотворца, выстроенного на месте старого по улице Пикетная, 42. 19 декабря 2011г., в день памяти святителя Николая Чудотворца, епископ Кемеровский и Новокузнецкий Аристарх совершил освящение Свято-Никольского храма в городе Междуреченске.