Она родилась в 1920 году в Московской области, в семье крестьянина. На следующий год родители выехали в Алтайский край. Потом жили в разных селах и городах Кемеровской области, а в 1930 году остановились на постоянное место жительства в Прокопьевске.

Непростые годы едва миновали, как началась война. Сразу по окончании Томского медицинского института в 1942 году Мария была призвана в Красную Армию. Служила в Монголии в 17-й армии Забайкальского военного округа младшим врачом 24-го автомобильного полка, который в дальнейшем направлялся на Центральный фронт и в 1943 году был расформирован. Личный состав был передан в главный штаб-резерв Москвы.

У Марии Федоровны появилась возможность остаться в тылу, продолжить учебу, но она добровольцем была зачислена в партизанское соединение на должность начальника передвижного госпиталя. Партизанское соединение действовало в районе рек Днепр, Припять, охватывая Черниговскую, Киевскую области Украины и полесье Белоруссии. В середине октября 1943 года соединение перешло линию фронта и объединилось с частями Красной Армии. Марии Федоров не предоставили отпуск с явкой в Прокопьевский военкомат. В связи с катастрофической нехваткой врачей в городе она была уволена в запас и направлена в распоряжение Прокопьевского городского отдела здравоохранения. С 1943 по 1949 годы работала судебно-медицинским экспертом первой городской больницы, которую за высокие светлые корпуса жители Прокопьевска называли «Белая больница».

За участие в Великой Отечественной войне Мария Макаркина была награждена орденом Отечественной войны II степени, медалями «За партизанское движение», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

После войны вместе с мужем по распоряжению ЦК КПСС и Совета Министров СССР находилась в заграничной командировке в ГДР, где работала начальником медсанчасти. По окончании командировки вернулась в Прокопьевск.

Мария Федоровна на протяжении еще многих лет трудилась в системе здравоохранения на различных должностях. Работала главным врачом первой городской больницы, возглавляла Прокопьевский городской отдел здравоохранения, была заведующей патологоанатомическим отделением ЦГБ, имела высшую квалификационную категорию врача-патологоанатома. Избиралась депутатом Кемеровского областного и Прокопьевского городского Советов.

За долголетний плодотворный труд Марии Макаркиной присвоены звания: «Заслуженный врач РСФСР», «Ударник коммунистического труда», «Персональный пенсионер республиканского значения». Не стало Марии Федоровны в 2004 году.